元數據庫主要是通過分析關于數據的特性而生成的新數據庫。這類數據庫可以從多種來源收集數據，然后以便于大家閱讀理解的方式呈現出來。這種類數據庫主要提供關于疾病和物種的基因數據。

1.BioGraph (University of Antwerp，安特衛(wèi)普大學)：通過整合超過20個不同類型的數據庫，提供基于基因信息知識的服務。

2.    神經科學信息網絡(Neuroscience Information Framework) (University of California, San Diego) – 整合數以百計的的神經科學相關的資源信息。

3.    基因作用網格數據庫（ConsensusPathDB） - 通過整合12種數據庫，為基因解碼基因檢測提供分子相互作用分析信息。

4.    Entrez[2] (National Center for Biotechnology Information)，美國國家生物技術信息中心數據庫

5.    酵素門戶（Enzyme Portal）整合酶的信息，集聚關于小分子化學、生物化學傳導通路及用來調節(jié)酶活性的藥物數據庫。酶在功能營養(yǎng)基因檢測中，又被稱為西酵素，由歐洲生物信息中心 (European Bioinformatics Institute)建立和管理。

6.    真基因數據庫（euGenes） (Indiana University)

7.    基因卡片（GeneCards） (Weizmann Inst.)

8.    基因組聚集數據庫（Genome Aggregation Database ，gnomAD) (Broad Institute)

9.    元基數據庫（MetaBase） (KOBIC) – 由用戶分享構成的生物數據庫。

10. mGen 由世界上賊大的四個數據庫組成，它們是GenBank, Refseq, EMBL 和DDBJ 。數據為提取界面友好，容易使用。

11. MOPED 由西雅圖兒童研究所(Seattle Children's Research Institute)建立和管理,是一個多組學表達譜數據庫,提供蛋白質組學,轉錄組學數據,涵蓋人，鼠、蠕蟲、酵母等特種。

12. 病源門戶（PathogenPortal），數據庫與由美國過敏和感染性疾病研究所建立營運的生物信息中心鏈接。 A repository linking to the Bioinformatics Resource Centers (BRCs) sponsored by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)

13. SOURCE (Stanford University) 是一個包含有人、小鼠、大鼠的基因的的遺傳學、分子生物學數據庫，基因報告方便易用。

14. iRefIndex:提供大量數據庫中的蛋白質相互作用索引，這些數據庫包括BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI and OPHID， 這些數據庫是佳學基因解碼基因檢測的重要數據庫支撐。對這些數據的專業(yè)評估和分析加工使得佳學基因的基因解碼、基因檢測獨樹一幟。

15. Pathway Commons ：由紀念斯隆-凱特琳癌癥中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center） 和加拿大多倫多大學（University of Toronto）)共同建立營運的數據庫

16. Nowomics 追蹤更新多個數據庫的變化，可以采用基因的名稱和關鍵詞查詢賊新的研究成果和科研文章。

17. BioGPS，由座落于美國美麗海濱城市、佳學基因解碼基因檢測的發(fā)源地圣地亞哥的美國斯克利普斯研究所 (The Scripps Research Institute) 建立和管理。這是一個具有廣泛內容的基因門戶，通過使用插件，將數據庫的功能延展到遠不只是基因表達的圖形化展示，通過基因百科提供大量的數據庫內容和服務。

18.  序列元素百科ENCODE DNA序列元素百科聯(lián)盟是一個國際性的合作組織，致力于將人體基因組的各個功能組成部分進行分解，解析，以提供廣泛的人體基因功能分析。這個數據庫可以通過加州大學圣地亞哥分校的基因組瀏覽程序進行下載。美國圣地亞哥是佳學基因解碼技術的發(fā)源地。佳學基因建立的《基因序列變化與人體疾病表征》數據庫是進一步將基因序列變化與人的各種疾病、表現、表型鏈接起來，強調基因序列的可讀性、易用性。

19. 人類表觀基因精細圖譜（Human Epigenome Atlas）,是在表觀基因組項目路線圖成果的集中展示。與佳學基因解碼基因檢測所依賴的數據庫不一樣，該數據庫采集的主要是正常組織的表觀遺傳學數據。

20. Metascape 提供了一種同時從多個數據庫提取數據的接口和方法。構建該數據庫的核心人員來自于美國圣地亞哥的諾華基因組學研究中心、布萊姆研究所。圣地亞哥是佳學基因解碼的發(fā)源地，佳學基因的創(chuàng)始人黃家學博士早在2005年便在圣地亞哥諾華基因組學研究中心工作，參與多個基因組學、免疫基因組學、反向遺傳學項目。通過這一數據庫，可以一鍵式獲取 NCBI (Entrez, OMIM, ClinVar), GO, KEGG, MSiGDB, UniProt, Protein Atlas, Ensembl, JAX, DrugBank, NHGRI-EBI, DDG2P適時更新的數據。

?21. 國際衰老研究集群數據庫（International Aging Research Portfolio ）IARP) – 一個經過專業(yè)研究人員審訂的數據庫，數據來源各種資金資助的研究成果，包括： NIH, NSF, CORDIS, Australian Research Council， 所收集的數據與支撐這些數據的科技文獻直接相連。