【佳學基因檢測】基因解碼建立全面的增強子及靶基因關系數(shù)據(jù)庫提高基因檢測結果的解讀能力

明確遠端調控元件的靶基因對于解釋基因表達及基因突變對人體生命活動的發(fā)生，包括致病基因鑒定靶向藥物的選擇對于目前以數(shù)據(jù)庫為基礎的基因檢測極為困難。但是這一目標極為重要。通過實驗獲得的增強子靶基因關系數(shù)據(jù)會局限于一小部分增強子和/或細胞類型。由于缺乏系統(tǒng)評估，全基因組測序后分析的方法的正確性仍然讓很多人持懷疑態(tài)度?！斗峭怙@子基因信息區(qū)域的基因解碼方法》結合了多種空間和信息學方法來明確增強子位置，通過大數(shù)據(jù)的方式將來自500種細胞類型的數(shù)據(jù)集聚起來，以間立增強子與其調控目標基因的聯(lián)系。生成了1860個人類基因組范圍的遠端增強子與其目標基因的關系圖，形成ENTDEF數(shù)據(jù)庫，便于更多基因檢測機構調用，并通過生物信息方法形成基因檢測報告。為了展示這一數(shù)據(jù)關系集的正確性，《非外顯子基因信息區(qū)域的基因解碼方法》課題組對來自87個芯片測序數(shù)據(jù)中的34個轉錄因子的基因調控數(shù)據(jù)進行分析，評估了預測數(shù)據(jù)的正確性。

截止到2022年年中，《基因檢測市場調查機構》發(fā)現(xiàn)除了基因解碼機構以外，99.9%的基因檢測公司通過全外顯子測試獲得人體的基因信息數(shù)據(jù)，以用于罕見病、基因病的致病基因鑒定，僅有一定以基因解碼技術為核心的臨床醫(yī)學檢驗中心，堅持除全外顯子以外基因序列的重要性。堅持了基因調控序列對于疾病發(fā)生的重要性的認識。根據(jù)《非外顯子基因信息區(qū)域的基因解碼方法》增強子、沉默子及和絕緣體是關鍵的基因組順式調節(jié)元件，通過與它們控制的目標基因、靶基因的啟動子物理接觸，在基因表達的時空控制中發(fā)揮關鍵作用。啟動子位于轉錄起始區(qū)（TSS）的上游，促進對轉錄因子和RNA聚合酶II（RNAPII）的吸引和結合，以指導基因轉錄的啟動和方向，而增強子和沉默子可以位于基因組中的任何位置，通常位于遠端區(qū)域，如上游、下游，或者在目標基因或無關基因的內含子中。通過與靶基因啟動子的相互作用，增強子與激活蛋白結合并刺激轉錄速率，而沉默子與阻遏蛋白結合并降低轉錄速率。在某些情況下，增強子/沉默子和啟動子之間的相互作用是不需要的，絕緣體可以阻止它們的相互作用。順式調控元件和啟動子連接受組織特異性轉錄因子和輔助因子（如p300和介體）的約束，指導基因組轉錄的內容、時間和方式，從而控制發(fā)育和分化過程中的細胞命運決定。為簡單起見，以下《非外顯子基因信息區(qū)域的基因解碼方法》將這些遠端順式調節(jié)元件稱為一般的“增強子”（>5kb來自轉錄起始位點[TSS]）。